Sejarah Balai Pemasyarakatan berawal dari Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor: M.02-PR.07.03 tahun 1987 tanggal 2 Mei 1987 tentang Organisasi dan Tata Kerja bernama Balai Bimbingan Kemasyarakatan dan Pengentasan Anak disingkat Bispa. Kemudian terjadi perubahan berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor: M.01-PR.07.03 tahun 1997 tanggal 12 Pebruari 1997 tentang Nomenklatur dari Bispa menjadi Balai Pemasyarakatan disingkat Bapas.
Bapas Pontianak berlokasi di Jalan Abdurahman Saleh Nomor 37 Kecamatan Pontianak Tenggara, Kota Pontianak. Balai Pemasyarakatan Pontianak merupakan unit pelaksana teknis Pemasyarakatan dalam bidang pembimbingan klien (eks-narapidana) dan pendampingan anak berhadapan dengan hukum melingkupi wilayah hukum Kota Pontianak, Kabupaten Mempawah, Kabupaten Ketapang, Kabupaten Kubu Raya dan Kabupaten Kayong Utara.
Bapas Pontianak telah dipimpin oleh 9 (sembilan) orang kepala. Pertama Drs. Koes Salim dari 1984 sampai 1991, kedua Y. Koesnindar dari periode 1991 sampai dengan 1995. Pada tahun 1995 Balai Bispa Pontianak Kelas II Pontianak menjadi Balai Pemasyarakatan Kelas II Pontianak dengan kepemimpinan ketiga Drs. Noor Siswanto dari 1995 sampai dengan 1999, ke-empat Mochtar Bobihu dari 1999 sampai 2005. Pada periode kelima dipimpin oleh Basri S.Sos dari 2006 sampai 2011, ke-enam oleh Drs.Moh.Amin periode 2011 sampai 2017, ketujuh Heri Sulistiyo periode 2017 sampai 2020, kedelapan Iwan Darmawan periode 2020 sampai 2022 dan kesembilan Akhmad Heru Setiawan periode 2022 sampai dengan saat ini.
Bapas lebih dikenal sebagai kantor para Pembimbing Kemasyarakatan (PK) yang melaksanakan Penelitian Kemasyarakatan (Litmas), Pendampingan Anak Berhadapan dengan Hukum (ABH), pembimbingan dan pengawasan klien (eks-narapidana) yang sedang menjalani program reintegrasi (pembebasan bersyarat, cuti bersyarat dan cuti menjelang bebas). Saat ini Bapas Pontianak memiliki 25 orang PK dan 8 (delapan) orang Asisten PK serta terdapat 2 (dua) Pos Bapas di Lapas Kelas IIB Ketapang dan Rutan Kelas IIB Mempawah.
Bapas Pontianak terus mengikuti perkembangan zaman dan tantangan di masyarakat melalui kerjasama yang kolaboratif dengan berbagai pihak. Kolaborasi tersebut terwadahi dalam Kelompok Peduli Pemasyarakatan (Pokmas Lipas) yang menjadi salah satu kunci keberhasilan dalam upaya merubah eks narapidana agar tidak mengulangi tindak pidana dan menjadi anggota masyarakat yang bermanfaat. Mitra Pokmas Lipas Bapas Pontianak antara lain; PKBI Kalimantan Barat, Komunitas Love Borneo, LBH Yakusa, Laznas Baitul Mal Hidayatullah, Ikatan Psikolog Klinis (IPK) Kalimantan Barat, BNN Kota Pontianak dan BNN Kab. Kubu Raya